• 1. Perdana Menteri
• 2. Menteri Pertahanan
• 3. Ketua Turus, Staf Bersama

Struktur

Pemerintah Tertinggi Angkatan Pertahanan Diri Jepun (JSDF), yang bukan secara rasminya pegawai tentera, adalah Perdana Menteri. Maharaja Jepun ialah raja berperlembagaan yang tidak mempunyai kuasa politik atau tentera ke atas JSDF; kuasa itu terletak pada Perdana Menteri. Bagaimanapun, adalah diingatkan bahawa Maharaja secara rasmi melantik Perdana Menteri. Menteri Pertahanan bertanggungjawab bagi penyusunan dan merumuskan dasar keselamatan negara. Permintaan belanjawan di draf oleh Kementerian Kewangan dan membuat sendiri usul perundangan ke Diet Jepun.

Menteri Pertahanan diberi nasihat mengenai setiap perkara yang berkaitan dengan tugas-tugas Angkatan Pertahanan Diri Jepun oleh Ketua Turus, Staf Bersama.